Λίγους μήνες μετά το πραξικόπημα των αμερικανοκίνητων συνταγματαρχών, χαράματα της Τρίτης 5 Σεπτέμβρη του 1967, ασφαλίτες, αστυνομία και πράκτορες της ΚΥΠ θα περικυκλώσουν το σπίτι στο οποίο κρυβόταν ο Γιάννης Χαλκίδης στην περιοχή Χαριλάου (τον καταζητούσαν για την αντιδικτατορική δράση του) και θα τον εκτελέσουν εν ψυχρώ, συλλαμβάνοντας άλλους δυο συντρόφους του, αυτόπτες μάρτυρες της άνανδρης δολοφονίας.
Τη χαριστική βολή στον 27χρονο τότε Γιάννη Χαλκίδη έδωσε ο γνωστός αρχιβασανιστής της χούντας υπομοίραρχος Τετραδάκος.
Ο Γιάννης Χαλκίδης ήταν μέλος του ΚΚΕ, Γραμματέας της Νεολαίας Λαμπράκη στους Αμπελόκηπους πριν την κήρυξη της δικτατορίας και αμέσως μετά οργανώθηκε στο Πατριωτικό Αντιδικτατορικό Μέτωπο (ΠΑΜ). Πλήρωσε με την ίδια του τη ζωή το όραμά του για μια Ελλάδα ελεύθερη από ντόπιους και ξένους δυνάστες. Ήταν ένα από τα πρώτα θύματα της αμερικανοκίνητης δικτατορίας των συνταγματαρχών.
